Het bedienen van de TomTom Runner gaat zeer eenvoudig met een knopje. Er zijn geen talloze menu's of vele klikopties: gewoon eenvoudig via een knopje. Het instellen van het horloge kan op vele manieren. Zo kun je bijvoorbeeld ingeven dat je een bepaald aantal kilometers wilt lopen, in een bepaalde hartslagzone wilt lopen of een intervaltraining wilt doen. Deze functies werken zeer prima en alles is goed leesbaar op het horloge, tijdens je run. Groot voordeel: de TomTom Runner beschikt over een trilsignaal, wat goed voelbaar is, ook tijdens je run.
Er zijn, net als bij veel andere sporthorloges, enkele datavelden waar je doorheen kunt scrollen tijdens je run. Bij veel andere horloges zijn deze gegevensvelden geheel naar eigen wens in te delen, maar dat is bij de TomTom Runner niet het geval. Dit hoeft geen probleem te zijn wanneer je er aan gewend bent, maar het was wel handig geweest wanneer dit wel had gekund.
De TomTom Runner beschikt over een nachtstand. Dit betekent dat het horloge zachtjes blijft verlicht tijdens de gehele run, zodat je altijd je accurate data kunt aflezen tijdens het lopen. Dat is dus erg handig.
TomTom heeft een eigen platform waar je gegevens van runs kunt inladen. Het heet TomTom MySports. Je kunt gratis een account aanmaken en via de computer kun je je run koppelen aan je account. Wanneer je het horloge aansluit op de computer, dan wordt meteen de laatste software geïnstalleerd, dus je bent altijd up-to-date wat betreft firmware.
Let op: dit horloge kan soms wat losjes in zijn omlijsting zitten. Hierdoor kan bij het om- en afdoen het horloge uit zijn bandje vallen. Let hier dus op.